Méthodes statistiques pour les problèmes difficiles en microbiologie de la santé publique

Pourquoi étudier la microbiologie de la santé publique?

Les organismes microbiens pathogènes sont à l’origine d’un lourd fardeau de maladies, en particulier en milieu hospitalier. La pharmacorésistance, par laquelle un agent pathogène ne répond plus à un traitement médicamenteux, est particulièrement pertinente aujourd’hui.

Les épidémies d’agents pathogènes nécessitent le développement d’outils de surveillance pour suivre et perturber rapidement la chaîne de transmissions. La mise à la disposition des autorités sanitaires de méthodes WGS rapides, fiables et abordables présente un avantage potentiel majeur.

Les méthodes WGS en sont encore à leurs balbutiements. Afin d’exploiter pleinement leur puissance, de nouvelles techniques statistiques et algorithmiques pour les données microbiennes WGS doivent être développées.

Zones d’exploration

Méthodologie d’appel de variantes

Comprend le développement d’une méthode basée sur la vraisemblance pour appeler des variantes génomiques (par exemple, des SNP, des insertions, des délétions ou des allèles de gènes spécifiques) informés par un modèle évolutif microbien.

Algorithmes pour l’analyse de données WGS

Inclut la formation d’un algorithme statistique ou d’apprentissage automatique pour combiner plusieurs signaux en un seul appel. Ceci est fait pour prédire la résistance aux médicaments, la parenté phylogénétique ou la parenté épidémiologique directement à partir des données WGS.

Estimation de la taille et de la puissance de l’échantillon

Comprend la conception de méthodes d’estimation de la puissance des études pour détecter les associations génotype-phénotype régulières chez les bactéries, ainsi que les interactions épistatiques. Ces interactions sont connues pour nécessiter des tailles d’échantillons excessivement élevées en génétique humaine.

Résoudre les défis mondiaux

Objectif de l’équipe de recherche

S’attaquer à trois défis statistiques non résolus qui se posent en microbiologie de santé publique et déployer les méthodes développées dans une plate-forme informatique accessible au public.