Projets d’équipe de recherche collaborative
Variants d’ADN rares et traits complexes humains : améliorer les analyses des études familiales en modélisant mieux les structures de dépendance
Ce projet explore les structures de dépendance familiale dans les données de séquences d’ADN. Ceci est utilisé pour étudier les mutations génétiques rares qui peuvent être impliquées dans des maladies complexes.
Catégorie de recherche : Santé et biologie
Région : Nationale
Date : 2016-2019
Pourquoi étudier les mutations génétiques dans les familles ?
L’avènement du séquençage d’ADN à haut débit a ouvert la possibilité de détecter des mutations génétiques rares pouvant être impliquées dans des maladies complexes.
Les échantillons familiaux sont mieux adaptés pour établir l’implication de mutations rares dans des traits complexes que les échantillons de sujets non apparentés. En effet, dans une famille, en raison des principes de base de l’hérédité, plusieurs membres affectés peuvent être porteurs de la même mutation rare.
Zones d’exploration
Structures de dépendance
Comprend l’étude des diverses formes de structures de dépendance dans les données de séquences d’ADN familiales.
Les sources de dépendance peuvent inclure :
- les relations entre les membres de la famille, connues ou inconnues des enquêteurs ;
- l’association entre des mutations situées dans des régions génomiques voisines, détectables par des schémas familiaux et de population de séquences d’ADN ;
- dépendance entre plusieurs traits.
Résoudre les défis mondiaux
Objectifs de l’équipe de recherche
Réunir statisticiens, épidémiologistes génétiques et experts des traits complexes pour mieux intégrer et modéliser les différentes formes de dépendance.
Développer des approches d’inférence statistique plus générales et adaptées (avec des gains de puissance et de validité) que les quelques méthodes actuellement applicables.
Les gens derrière le projet
Membres du groupe
Alexandre Bureau | Université Laval
Karim Oualkacha | Université du Québec à Montréal
Collaborateurs
Dans les domaines de la statistique et de l’épidémiologie génétique :
Marie-Hélène Roy-Gagnon | Université d’Ottawa
Kelly Burket | Université d’Ottawa
Fabrice Larribe | Université du Québec à Montréal
Aurélie Labbé | HEC Montréal
Jinko Graham | Université Simon Fraser
Célia Greenwood | université McGill
M’Hamed Lajmi Lakhal Chaieb | Université Laval
Ingo Ruczinski | École de santé publique Johns Hopkins Bloomberg à Baltimore, États-Unis
Eleftheria Zeggini | Wellcome Trust Sanger Institute à Cambridge, Royaume-Uni
De plus, cinq experts canadiens fourniront des données et des idées sur la génétique des caractères complexes.
Publications pertinentes
- J. Sun, K. Oualkacha, C. Greenwood et L. Lakhal-Chaieb (10/2017). Test d’association multivariée pour les variantes rares contrôlant les liens cryptiques et familiaux. Revue canadienne de statistique, numéro spécial présentant les CRT de l’INCASS, 32 pages, (en cours de révision).
- Zhao K, Jiang L, Klein K, Greenwood CMT, Oualkacha K. (11/2017). Évaluation de l’association CpG-set des changements de concentration lipidique et de la méthylation de l’ADN sur le chromosome 11. Actes BMC, 6 pages, sous presse.
- Jiang L, Zhao K, Klein K, Canty AJ, Oualkacha K, Greenwood CMT. (11/2017). Étudier les relations causales potentielles entre les SNP, la méthylation de l’ADN et les HDL. Actes BMC, 6 pages, sous presse.
- C. Nieuwoudt (12/2017). Forfait R, SimRVPedigree. Soumis au Comprehensive R Archive Network (CRAN).
- J. Sun, K. Oualkacha, C. Greenwood et L. Lakhal-Chaieb (09/2018). Test d’association multivariée pour les variantes rares contrôlant les liens cryptiques et familiaux. Revue canadienne de statistique, numéro spécial sur les CRT de l’INCASS, 32 pages, (sous presse).
- C. Nieuwoudt, S. Jones, A. Brooks-Wilson et J. Graham (10/2018). Simulation des pedigrees établis pour plusieurs parents affectés par la maladie. Code source pour la biologie et la médecine, 2018, 13:2. https://doi.org/10.1186/s13029-018-0069-6 .
- Kaiqiong Zhao, Karim Oualkacha, Lajmi Lakhal-Chaieb, Marie Hudson et Celia MT Greenwood (2019). Modélisation fluide des effets covariables dans les mesures de méthylation de l’ADN dérivées du séquençage au bisulfite. Papier en cours.
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Variants d’ADN rares et traits complexes humains : améliorer les analyses des études familiales en modélisant mieux les structures de dépendance est un projet de l’équipe de recherche collaborative. Ce programme aborde des problèmes complexes à travers un programme de recherche et de formation de trois ans.
L’INCASS offre environ 200 000 $ pour ce type de projet, qui nécessite une équipe de professeurs, de postdoctorants et d’étudiants.